قال المهندس أحمد الشحات، الباحث فى القضايا الفكرية والتربوية، إن إبراهيم عيسى اعتاد مهاجمة كل ما يمت لمظاهر التدين بصلة، وفي القلب من ذلك المنهج السلفي باعتباره المنهج الذي يدعو إلى التمسك بالقرآن والسنة والعودة في فهمها إلى فهم السلف من الصحابة والتابعين ومن تبعهم بإحسان إلى يوم الدين.
أضاف "الشحات" أن هذا المنهج يقض مضجع كل علماني متنكر لتراث أمته، ومن ثم يتحين الفرص للهجوم عليه وتشويه صورته واستعداء مؤسسات الدولة عليه، وكأنه يعيش في عصور محاكم التفتيش المظلمة.
وتابع: أبلغ ردّ على مثل هؤلاء هو الاستمرار في بيان الحق وتوضيح المنهج وتعليم الناس وعدم الالتفات إلى صغار يقذفون القطار بالحجارة فربما أصابوه بخدوش أو نحوه، ولكنه يظل مستمرًا في طريقه ليصل إلى هدفه بينما هم لا يبرحون أماكنهم.